Rafael Santos é natural de Barretos/SP e formado nas categorias de base do Corinthians, onde jogou do Sub-20 ao Sub-23 e chegou ao elenco profissional em 2010.
Já atuou pelo Avaí, Bragantino, Botafogo SP, São Caetano, Icasa, Portuguesa, Guarani, Madureira, Tupi e Bahia antes de chegar ao Vila Nova em 2018.
Conquistou o principal título de sua carreira em 2018, ao vencer o Campeonato Baiano, pelo Bahia.